Ülser
Mideden yemek borusuna kaçan sıvı zamanla yemek borusunun hücrelerine zarar verir. Yemek borusunda inflamasyon oluşur (özofajit). Bu inflamasyonun sonucu olarak hasar oluşabilir ve bu hasar sonucu kanama oluşabilir. Bu kanama sonucu kan transfüzyonu gerekebilir, endoskopik veya cerrahi tedaviye gerek olabilir.
Darlık
Yemek borusunda oluşan ülserler genelde skar dokusu oluşumuyla iyileşirler. Zamanla skar dokusu lümeni daraltır. Bu daralmanın sonucu olarak yenilen yemekler yemek borusundan geçemez. İlk önce katı yiyeceklerde sorun oluşurken daha sonra sıvı yiyeceklerde de sorun oluşabilir. Tedavi olarak bu darlık genişletilmeli ve reflünün tekrar oluşması engellenmelidir.
Barrett özofagus
Uzun süren reflüye bağlı olarak yemek borusunun hücrelerinde değişiklikler olmaya başlar. Bu hücreler önce kanser öncesi duruma geçerler ve daha sonra kanser gelişir. Bu duruma Barrett özofagus denilmektedir ve reflü hastalarının %10’unda görülmektedir. Reflüye bağlı yemek borusu kanserinin oluşumu giderek artmaktadır.
Barrett özofagus endoskopi ile tespit edilebilir ve buradan alınacak parçanın patolojik incelemesi ile ispatlanabilir. Bu hastaların endoskopi ile sıkı kontrollere alınıp kanser öncesi durumun (displazi) gelişip gelişmediği takip edilmelidir. Çoğu hastada gelişmezken bazı hastalarda neden geliştiği bilinmemektedir.
Öksürük ve astım
Yemek borusunun alt kısmı sinirlerden zengindir. Bazı sinirler ağrıya neden olurken bazı sinirler asid boğaza ve nefes borusuna ulaşmasa bile öksürüğe ve nefes borularında daralmaya yol açıp astıma neden olabilir. Yani, reflü açıklanamayan öksürüğe neden olabilir.
Boğaz ve nefes borusunun inflamasyonu
Reflü olan mide sıvısı boğaza ve nefes borusuna kaçtığında boğaz ağrısına ve ses kısıklığına yol açar. Reflü açıklanamayan öksürük ve ses kısıklığının ne kadarına sebep olduğu bilinmemektedir.
Akciğerin inflamasyon ve infeksiyonu
Nefes borusuna kaçan sıvı akciğerlere de kaçabilir. Bu durum hastada öksürük ve nefes darlığına yol açar. Bunlara yol açmadan akciğerde enfeksiyona yol açıp pnömoni oluşabilir. Geceleri kaçak daha fazla oluştuğundan ve öksürük refleksi gibi koruma mekanizmaları uykuda olmadığından inflamasyon gece daha fazla olmaktadır.
Orta kulak ve sinüslerde sıvı
Boğaz ile burun pasajı arasında ilişki vardır. Çocuklarda boğaz ile burun pasajı arasında lenfoid doku (adenoid) bulunmaktadır. Orta kulak (östaki borusu ile) ve sinüsler burun pasajına adenoidlere yakın yerden açılmaktadır. Boğaza gelen asid adeonidlerde şişmeye neden olur, adeonidlerdeki şişme sinüs ve östaki borusunu tıkayarak orta kulak ve sinüslerde su birikmesine yol açar. Erişkinlerde adenoidler belirgin olmadığından su birikimi adece çocuklarda görülür.